Weteran N64 i haker Kaze Emanuar publicznie zakwestionował twierdzenia Analogue 3D o dokładności cyklu i "100% kompatybilności", prezentując testy side-by-side, które pokazują wolniejszą wydajność, brakujące zachowania sprzętowe i nieudane kontrole systemu w porównaniu do oryginalnego Nintendo 64. Choć Analogue przez cały czas uważa system oparty na FPGA za mocną, przystępną cenowo opcję dla większości graczy i zauważa, iż aktualizacje systemu układowego mogą rozwiązać wiele problemów, Analogue nie odpowiedział jeszcze na rosnące obawy ze strony speedrunnerów, modderów i konserwatorów.