Gracze Aktywnej Materii kontrolują operatorów, którzy utknęli w pętli czasu, wracając raz za razem do tego samego punktu po każdej śmierci. Wybierają ładunek i wkraczają do stref niestabilnych kwantowo, bogatych w materię aktywną – substancję zdolną do wypaczania i rozrywania samej tkanki przestrzeni i czasu. Na przeszkodzie stoją rywale z innych linii czasu, anomalie łamiące fizykę zmieniające siłę grawitacji i istoty eteryczne. Gracze zbierają aktywną materię, zbierają łupy i przenoszą się do bezpiecznego obszaru, zanim cała strefa przestanie istnieć wraz ze wszystkim, co się w niej znajduje.
Active Matter to realistyczna, hardcorowa strzelanka łącząca elementy PvPvE i PvP z autentyczną bronią i sprzętem, osadzona w dziwacznym, chaotycznym świecie inspirowanym historią SCP. Aktywna materia losowo przemieszcza obiekty z alternatywnych linii czasu do stref niestabilnych kwantowo i pozwala graczom, gdy znajdą się w bezpiecznym obszarze we własnej bazie, replikować przedmioty z innych linii czasu. Arsenał w Active Matter opiera się na technologii i taktyce wojskowej z prawdziwego świata, a wojna wydaje się być jedyną stałą w całym wieloświecie.