Mimo świetnego przyjęcia, Subnautica 2 mierzy się z krytyką za brak możliwości walki z agresywnymi stworzeniami. Twórcy przez cały czas nie chcą zamieniać gry w survival nastawiony na zabijanie, ale coraz poważniej rozważają dodanie skuteczniejszych metod odpierania ataków morskich żyjątek.